Inom ramavtalet med Havs- och Vattenmyndigheten har Marine Monitoring arbetat med projektet Biogeografisk uppföljning av marina naturtyper och arter där medarbetare tagit fram nationella naturtypskartor för art- och habitatsdirektivets naturtyper blottade ler- och sandbottnar (1140) och estuarier (1130). Inom projektet har Marine Monitoring även arbetat med att ta fram en metodbeskrivning för att följa upp blottade ler- och sandbottnar samt utfört ett flertal pilotstudier där denna metod har testats. Medarbetare har även med hjälp av dropvideokamera deltagit i uppföljning av naturtyperna sublittorala sandbankar (1110), rev (1170), estuarier (1130) och stora vikar och sund (1160).
