Det finns ett flertal sätt att analysera förekomsten av miljögifter i havet. Oftast tas sediment- eller vattenprover för kemisk analys. En mer raffinerad metod avseende analys av gifter i vattnet är att använda sig av blåmusslor alternativt passiva provtagare, viket ger en bild av gifthalten över en längre tid. Blåmusslor har stor förmåga att filtrera stora mängder havsvatten (en individ kan omsätta ca 4-6 liter per timme). Lösta och partikelbundna miljögifter kan koncentreras upp i djurets vävnader som därefter analyseras kemiskt. Eftersom blåmusslans avgiftningssystem är relativt svagt utvecklat för många miljögifter, ackumuleras dessa i djurens vävnader. Till skillnad från många andra organismer kan musslor placeras ut utan behov av extra födotillförsel. Passiva provtagare är av två olika typer; SPMD (semipermeable membrane devices) för fettlösliga organiska ämnen och DGT (diffusive gradients in thin films) för metaller. Båda dessa mäter endast den i vatten lösta och biotillgängliga fraktionen av miljögifter, dvs. det som organismer kan ta upp. Eftersom provtagarna hänger ute under 3-4 veckor erhålls ett medelvärde av koncentrationen i vattnet under hela perioden. Marine Monitoring har den utrustning som krävs för denna typ av provtagning. För kemisk analys anlitas ackrediterade laboratorium.
