Marine Monitoring har sedan 2014 innehaft ramavtal med Havs- och vattenmyndigheten avseende konsulttjänster inom havs- och vattenförvaltning. Nuvarande avtal omfattar uppdragsområdena Marinbiologi, Ekotoxikologi, Miljöövervakning och Internationellt arbete.
För att utöka kompetens och kapacitet inom ramavtalen har Marine Monitoring inlett ett samarbete med tre underkonsulter, Sveriges vattenekologer AB, Hafok AB och SeAnalytics AB. Sveriges vattenekologer har en gedigen erfarenhet av alla typer av marina och limniska frågor där främst nationell och regional övervakning samt miljöanalys i Östersjön, insjöar och rinnande vatten är i fokus. Hafok AB har under flera år medverkat som svensk expert inom HELCOM och OSPAR och ICES för bl.a. bentiska indikatorer, status för havsmiljödirektivet samt marint områdesskydd. SeAnalytics arbetar bl.a. med ekologisk modellering, riskbedömningar och DNA-analyser av främmande arter.
Ramavtalet med Havs- och vattenmyndigheten har bl.a. inneburit arbete med biogeografisk uppföljning, övervakning av främmande arter och provfiske på dumpade vrak innehållande kemiska stridsmedel i Skagerrak.